重建後的皇崗口岸採用嶄新的「合作查驗、一次放行」通關模式，旅客以自助通道過關，只需排隊一次和出示一次證件，即可完成港深兩地的出入境手續，合資格人士更可選擇「刷臉通關」，免出示證件使用自助通道，方便快捷。
要使用合作查驗自助通道，享受「極速」過關體驗，合資格香港居民和訪港旅客記得首先進行登記。
登記過程同樣便捷，合資格香港居民可使用智能電話下載入境事務處的「香港e-道」流動應用程式，以「智方便」核實身分，便可按指示完成登記手續。
皇崗口岸也設有e-道登記處、自助服務站，讓香港居民即場登記；內地訪客也可到皇崗口岸e-道登記處登記。
此外，合資格香港居民和內地訪客，均可在合作查驗自助通道同時進行登記並完成辦理兩地出入境手續。
14歲或以上合資格人士更可在登記使用合作查驗自助通道時，一併登記「刷臉通關」服務，透過免出示證件模式使用自助通道服務。
旅客應緊記，即使「刷臉通關」，都要攜帶符合兩地出入境要求的證件。而使用合作查驗自助通道前，必須完成登記內地快捷通道。旅客也可選擇使用傳統人工櫃枱出入境。
至於車輛方面，司機和車輛均須具備粵港兩地口岸的通行資格。在「合作查驗、一次放行」的新清關模式下，離境車輛需先經過海關前置亭，接受海關風險評估，再駛入聯合一站式車道。
車道採用全新三度閘門設計，並利用全新設計的信息採集一體機，為司機一次過完成體溫、證件、容貌和指紋資料採集，整個過程只需一張證件、一體採集，便可以完成五方查驗、一次放行。
